Dansk Hjerteregister er siden 1. maj 2001 hjemhørende på Statens Institut for Folkesundhed (SIF), Øster Farimagsgade 5A, 1353 København K. Dataansvarlig myndighed er Region Hovedstaden, Kongens Vænge 2, 3400 Hillerød. Sundhedsministeriet og Københavns Amt har betalt for etableringen af registeret, mens driften betales af Danske Regioner.
Registeret ledes af en bestyrelse bestående af repræsentanter for de faglige videnskabelige selskaber (Dansk Cardiologisk Selskab (DCS), Dansk Thoraxkirurgisk Selskab (DTS) og Dansk Selskab for anæstesiologi og intensiv medicin (DASAIM)), repræsentanter for de invasive enheder og repræsentanter for registerets drift. Registret er tilknyttet Nationalt Kompetencecenter for Landsdækkende Kliniske Kvalitetsdatabaser, region øst (KCØ).
SIFs opgave er primært at indsamle nationale data og gennemføre analyser af behandlingsindsatsen. Bestyrelsen overvåger validiteten af de indrapporterede data og udarbejder retningslinier for rutinemæssige udtræk af data. Bestyrelsen udarbejder desuden kvalitetsindikatorer og prognostiske faktorer for undersøgelse og behandling. Bestyrelsen skal godkende alle analyser før offentliggørelse og skal desuden godkende anvendelsen af data fra registret til evt. forskningsprojekter.
Registret bliver løbende samkørt med Landspatientregistret og CPR registret mhp. vurdering af registrets komplethed og analyse af dødeligheden.
Dansk Hjerteregister er godkendt af Sundhedsstyrelsen som klinisk kvalitetsdatabase, og finansieres af Regionernes fælles databasepulje. DHR er godkendt i Datatilsynet under journalnummer 2007-58-0014 i henhold til persondataloven.